Tras la desaparición del Pinatar FS, en 2006 se refundó el Club bajó la denominación actual: Club Fútbol Sala Pinatar. Por aquel entonces, el primer equipo fue alternando entre las categorías Nacional A y Nacional B.
En 2015, la llegada de la nueva directiva, repleta de nuevas ideas y fuerzas renovadas, supuso un gran cambio que se trasladó al ámbito deportivo, consiguiendo el ascenso a Segunda División B. Después de alcanzar la categoría de bronce del fútbol sala español, el Club consiguió consolidarse y dar un paso adelante en sus aspiraciones. Tras disputar varios playoffs de ascenso en los que se acabó escapando el sueño de alcanzar la categoría de plata del fútbol sala español, en la temporada 2024/2025 se logró el ansiado objetivo. El 22 de junio de 2024 quedará marcado con letras de oro en la historia del CFS Pinatar. Ese día llegó el ascenso a la Segunda División de Fútbol Sala, lo que supuso la recompensa a tantos años de esfuerzo, sacrificio y superación. El primer equipo también ha disputado cuatro ediciones de la Copa de SM el Rey, obteniendo como mejor resultado superar tres eliminatorias y eliminando a rivales que, actualmente, compiten en Primera División.
También cabe destacar que el CFS Pinatar va más allá del equipo sénior, ya que trabaja en todas las categorías base, desde Debutantes hasta Juvenil División de Honor, e incluso cuenta con un filial en Tercera División.
2013
2019
2024