Tras la desaparición del Pinatar FS, en 2006 se refundó el Club bajó la denominación actual: Club Fútbol Sala Pinatar. Por aquel entonces, el primer equipo fue alternando entre las categorías Nacional A y Nacional B.
En 2015, la llegada de la nueva directiva, repleta de nuevas ideas y fuerzas renovadas, supuso un gran cambio que se trasladó al ámbito deportivo, consiguiendo el ascenso a Segunda División B. Después de alcanzar la categoría de bronce del fútbol sala español, el Club consiguió consolidarse y dar un paso adelante en sus aspiraciones, llegando a disputar el play-off de ascenso a Segunda División en hasta dos ocasiones, aunque sin demasiada suerte. El primer equipo también ha disputado tres ediciones de la Copa de SM el Rey, obteniendo como mejor resultado superar tres eliminatorias y eliminando a rivales que, actualmente, compiten en Primera División.
Pero el CFS Pinatar va más allá del equipo sénior, ya que trabaja en todas las categorías base, desde Debutantes hasta Juvenil División de Honor, e incluso posee un filial en Tercera División. Al mismo tiempo, el proyecto femenino crece exponencialmente temporada tras temporada con el objetivo de alcanzar la igualdad a través del fútbol sala.
